La colonisation par des micro-organismes du tube digestif débute dès la vie intra-utérine et se poursuit pour se stabiliser vers deux à trois ans. Sa composition est influencée par le microbiote maternel, le mode d’accouchement, le terme de naissance, l’environnement du lieu de naissance, l'allaitement, la prescription d'antibiotiques ou d'IPP, l'alimentation plus ou moins riche en fibres, etc.
Il est recommandé d’éviter la prise d’antibiotiques pendant la première année de vie qui réduit la diversité bactérienne du microbiote tandis que la consommation de probiotiques pendant la grossesse pourrait être favorable.
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