Les autorités sanitaires britanniques ont classé le sous-lignage AY.4.2 du variant Delta parmi les « variants en cours d’investigation ». C’est ce qu’a annoncé la UK Health Security Agency dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire, vendredi dernier. Alors que le même jour, une recrudescence de la circulation du SARS-CoV-2 était annoncée en France, doit-on s’attendre à ce que l’arrivée de ce sous-variant aggrave encore l’épidémie ?
En fait, les inquiétudes concernent surtout la transmissibilité de ce variant, qui pourrait s’avérer augmentée.
Progression de la détection du AY.4.2 Outre-Manche
En effet, comme l’expliquait Santé Publique France lors d’une conférence de presse organisée le 22 octobre, si le Royaume-Uni a attiré l’attention de la communauté internationale sur ce mutant AY.4.2, c’est parce que, ces dernières semaines, une forte « progression de sa détection » par rapport aux autres sous-lignages du Delta y a été détectée.
Or, « toute augmentation de la part relative d’un variant ou d’un sous-lignage par rapport aux autres sur une période de temps restreinte est un signal à suivre », estime Santé Publique France.
Un potentiel biais lié à la recrudescence de l'épidémie au Royaume-Uni
Cependant, cette potentielle augmentation de transmissibilité doit être confirmée. « Des preuves supplémentaires restent nécessaires pour déterminer si (la progression du Delta AY.4.2) est liée à un (véritable) changement dans le comportement du virus », plaide l’agence de santé publique britannique. De fait, si celle-ci estime à 17 % le taux de croissance du AY.4.2, cet indicateur est très dépendant du contexte épidémiologique, marqué Outre-Manche par un fort rebond épidémique.
De plus, cette augmentation de la diffusion du clone AY.4.2. pourrait être transitoire. En effet, comme le rappelle Santé Publique France dans une récente analyse de risque, des mutations associées à d’autres sous-lignages du variant Delta ont vu leur détection « augmenter puis diminuer au bout de quelques semaines », voire « augmenter régulièrement depuis l’été ». Et ce, sans faire l’objet d’alertes spécifiques.
Le problème, c’est que des données complémentaires susceptibles de confirmer - ou au contraire d'infirmer - la diffusion du lignage AY.4.2 manquent encore. « Le signal est encore tout nouveau, la désignation (de ce variant) dans les bases de données internationales date du (21 octobre), si bien que les bases de données sont tout juste en train d’être mises à jour », s’excusait Santé Publique France la semaine dernière.
Pas de signal d'échappement immunitaire
Autre crainte, à l’heure où les campagnes de rappel progressent en Europe : l’éventualité que ce sous-variant échappe à l’immunité. Une possibilité du fait de deux mutations additionnelles (Y145H et A222V) détectées sur la protéine Spike du virus. Les anticorps neutralisants et les vaccins ciblant cet antigène, « des mutations (à ce niveau) peuvent (…) avoir un impact sur l’échappement à la réponse immunitaire », admet Santé Publique France dans son analyse de risque.
Cependant, l'agence de santé publique britannique rassure. Ce lignage « ne semble pas (…) rendre les vaccins actuellement distribués moins efficaces », juge-t-elle.
De même, pour le moment, aucun indice d’une augmentation de la virulence du sous-lignage AY.4.2 ne semble avoir été relevé. « (Ce variant) ne semble pas causer de version plus grave de la maladie », affirme la UK Health Security Agency.
19 cas potentiels en France
Quoi qu’il en soit, la diffusion de ce sous-variant, pour le moment pas encore qualifié de « préoccupant » par les autorités sanitaires, semble encore relativement circonscrite au Royaume-Uni. Même si ces chiffres pourraient changer prochainement du fait de la mise à jour des bases de données, parmi tous les cas de détection des deux mutations caractéristiques de ce clone rapportés à ce jour dans le monde, 96 % concernaient le Royaume-Uni (soit 6 % des cas recensés dans le pays) – contre 1,3 % en Allemagne, 0,6 % en Pologne, 0,4 % en Irlande, 0,4 % en Italie ou 0,3 % au Danemark.
En France, où le lignage AY.4.2 « n’est pas encore intégré dans la majorité des programmes d’analyse bio-informatique », le nombre de cas d’infection à SARS-CoV-2 suspectées d'être liées à ce variant est porté à 19. La plupart (16) ont été enregistrés en Île-de-France pendant des enquêtes Flash, et toutes entre les semaines 35 et 39 (en septembre). « (Mais) les données de séquençage disponibles à partir de la semaine 40 sont encore très préliminaires », précise Santé Publique France.
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