Le risque de provoquer des effets indésirables divers par une hormonothérapie chez les hommes et femmes transgenres est souvent redouté.

Cette prescription vise à induire des caractéristiques physiques correspondant au sexe désiré.

Les « femmes trans » (naissance de sexe masculin, identité de genre féminine) reçoivent préférentiellement des œstrogènes, associés ou non à un traitement anti-androgène pour induire la féminisation. Les « hommes trans » (naissance de sexe féminin, identité de genre masculine) reçoivent de la testostérone pour induire la masculinisation.