Si la majorité des obésités sont multifactorielles, certaines formes rares sont, avant tout, génétiques. Sévères et précoces, elles peuvent être monogéniques, causées par des mutations d’un gène unique, ou syndromiques associant obésité sévère, troubles du comportement alimentaire et des troubles du neurodéveloppement. Les obésités lésionnelles, quant à elles, ne relèvent pas d'une anomalie génétique, mais d'une atteinte acquise de l'hypothalamus : tumeur, chirurgie, radiothérapie, inflammation, infection ou traumatisme crânien.