L’Empereur qui avait déjà été à l’origine de la création du Comité central de vaccine, installe personnellement le 7 mai 1804 la « Société pour l’extinction de la petite vérole ». Un comité est aussitôt formé regroupant 16 membres, Guillotin en étant le président et Husson le secrétaire. Cette institution a pour objectif de créer des antennes locales et de mettre en place des infrastructures de vaccination dans chaque département. Les préfets reçoivent ainsi les premières directives pour assurer la généralisation de la vaccination. Puis à leur tour, les sous-préfets, maires et autorités religieuses sont avertis. La vaccination doit être générale et gratuite pour les pauvres.
Pas d’enfants non-vaccoinés à l’école...
Des vaccinateurs sont désignés en même temps que les maires sont chargés d’établir les listes des enfants réceptifs à la vaccination. Cette mise en place de la vaccination dans les départements s’accompagne aussi de mesures coercitives: les maîtres d’école n’auront plus le droit, par exemple, de recevoir les enfants non vaccinés. La même recommandation est faite aux recteurs d’université envers leurs élèves.
Si, sur le papier, tout semble prêt pour démarrer la campagne de vaccination, la réalité n’est pas aussi rose. Les préfets, notamment, se plaignent que l’État tarde à leur envoyer des subsides pour mettre la campagne en route. D’un autre côté, les maires des petites communes rurales se montrent circonspects et beaucoup de parents font preuve de « beaucoup d’apathie pour leurs enfants ».
En fait, la vaccination contre la variole ne connaît un réel succès qu’en 1811 après que Napoléon, donnant l’exemple, fasse vacciner l’Aiglon par le Docteur Husson. Les préfets répercutent la nouvelle, tel Alexandre de Lameth, préfet du Pô, qui écrit à ses administrés : « Le bien de l’humanité et le devoir de se conformer aux intentions de Sa Majesté qui a mis le sceau de l’utilité à la vaccination en y assujettissant l’objet de ses plus tendres affections, l’espoir de la France, en un mot le Roi de Rome, doivent vous inspirer le désir de concourir par tous les moyens qui sont en votre pouvoir à la propagation d’une découverte qui doit être regardée comme un don du ciel ».
un recul de 75 % des cas par rapport à 1789
La campagne prend alors un réel essor , un nouveau-né sur deux étant vacciné dans près de la moitié des départements. La variole recule et le nombre de cas est inférieur de 75 % à ce qu’il était en 1789. Le Docteur Husson peut se réjouir : « Bientôt, nous allons toucher à l’époque où la petite vérole ne sera plus connue que pour le souvenir de la terreur qu’elle inspirait ».
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