Explorer et décrypter le génome du microbiote

Près de 100 000 milliards de bactéries peuplent nos intestins et influencent notre santé au quotidien. Elles nous aident à digérer, à lutter contre les infections, agissent sur notre immunité ou encore sur l’inflammation. Si les individus possèdent des bactéries relativement proches en termes d’espèces, la composition exacte du microbiote (espèces, proportions) est unique à chacun. On peut toutefois différencier trois grand genres : les personnes à dominance de bactéries de type Bacteroides, Prevotella et Ruminococcus.

Plus étonnant, le microbiote, qui se met en place à la naissance, est d’une très grande stabilité au cours de la vie. L’alimentation pourrait avoir une influence sur sa composition, mais seulement à très long terme. Ainsi, le type Bacteroides est plus fréquemment représenté chez les personnes ayant un régime riche en viande, protéines et en graisses saturées; le type Prevotella en cas d’alimentation riche en glucides complexes et fibres. En revanche, Ruminococcus apprécierait davantage l'alcool et les graisses polyinsaturées.

Explorer ce microbiote et son génome pour comprendre son impact sur la santé et son rôle dans les maladies comme l’obésité, le diabète, les allergies ou les maladies inflammatoires chroniques intestinales est tout l’enjeu du projet européen « MetaGénoPolis », inauguré en juillet 2013 et coordonné par l’Inra. Objectif final : se donner les moyens de reprogrammer le microbiote intestinal à des fins nutritionnelles, préventives, ou thérapeutiques. Pour cela, il faudra constituer des banques d’échantillons; quantifier les espèces bactériennes et séquencer leurs gènes?; identifier les mécanismes de dialogue entre bactéries et cellules et, enfin, déterminer l’impact sociétal et éthique de ces recherches. Un financement de 19 millions d’euros a été prévu en fonction. Concrètement, le projet permettra dès 2015, l’analyse de 7?000 échantillons intestinaux par an et le criblage de 200 000 clones métagénomiques. La mise au point de traitements personnalisés et de recommandations nutritionnelles pour la prévention de maladies chroniques est en ligne de mire. De toute évidence, des traitements microbiens feront partie, à l’avenir de l’arsenal thérapeutique usuel.